以某建设项目为例，发包方A公司与承包方B公司签订了施工合同。施工结算过程中，对于B公司提交的一份有A公司现场项目负责人李某的签字但无A公司公章的工程变更签证单，A公司对于签证单不认可。但B公司举证，在整个项目施工期间，李某一直以A公司现场项目负责人的身份与B公司进行沟通协调，参与各类工程会议并作出决策，A公司未对此提出过异议，且过往类似的工程变更签证单，部分也是由李某签字确认后，A公司予以认可并进行了后续费用的结算。

C公司将工程发包给D公司。施工期间，D公司收到一份由自称C公司工程代表张某签字的签证单，要求其进行某合同外增项施工。工程结算时，C公司否认张某的签字效力，称其并非公司员工，也未授予其签署签证单的权利。但D公司举证，在工程开工仪式上，张某与C公司的法定代表人一同出席，C公司法定代表人向D公司介绍张某负责C公司项目协调；且在施工过程中，张某多次参与工程巡查等工作，C公司从未阻止或澄清张某的身份。

E公司将所承包项目中部分劳务工程分包给F劳务公司。在施工过程中，F劳务公司收到一份要求增加工作内容的签证单，签字人为E公司的王某。后来，E建筑公司以王某无授权为由，不认可该签证单。F劳务公司随后举证，王某长期在E建筑公司的该项目现场工作，身着E建筑公司的工作服，佩戴工作牌，且之前在一些工程协调会议上，王某也代表E建筑公司发言，与F劳务公司沟通工程事宜。

在某建设项目中，发包方G公司与承包方H公司签订合同。施工中，H公司收到一份签证单，签字人是G公司的秦某，秦某并非G公司正式员工，而是G公司临时聘请的技术顾问。G公司否认秦某有权签字，但H公司指出，在项目前期的技术研讨会上，G公司的法定代表人多次提及秦某会协助处理技术相关事务，且在后续的施工过程中，秦某多次参与技术方案的审核与调整工作，G公司从未阻止。

M开发公司与N建筑公司签订了建设施工合同。施工期间，N公司收到一份签证单，要求调整部分楼栋的幕墙施工方案，签证单由M公司的项目经理陈某签字，无公司盖章。结算时，M公司拒绝承认该签证单效力，称陈某无权决定此类重大变更。但N公司举证，在之前的工程中，类似的设计变更签证单均由陈某签字后，M公司据此支付了相应款项，且M公司从未对陈某的签字权限提出过异议。

P公司将承接工程部分分包给Q公司。施工过程中，Q公司收到一份签证单，要求增加电缆铺设长度，签证单由P公司现场技术主管冀某签字。工程竣工后，P公司以冀某无授权为由拒付新增工程款。Q公司则提供了P公司下发的项目管理文件，文件中虽未明确冀某有权签署签证单，但将冀某列为“负责现场技术及施工协调”的管理人员，且在实际施工中，冀某多次以该身份与Q公司沟通工程技术问题。

比如：在青海方升建筑安装工程有限责任公司与青海隆豪置业有限公司建设工程施工合同纠纷一案中，监理单位指派的总监代表冯永贵虽未取得监理单位明确授权，但其作为现场唯一监理人，在工程签证单上的签字确认被法院认定为对案涉工程现场施工情况的真实反映。最终其签署的工程签证单被认定有效，变更、签证的工作量得到认可。

与之不同的是，在巢湖市富宏建筑劳务有限公司与亳州市大唐置业有限公司破产债权确认纠纷中，富宏劳务公司提供的工程技术业务联系单中均未加盖监理单位印章，无法证明其对该部分工程进行了施工。最终，法院未支持其请求。

比如：在浙江省东阳第三建筑工程有限公司与湖南碧成劳务有限公司等建设工程施工合同二审纠纷里，合同明确约定签证办理需特定主体依次签字才生效。东阳公司提交的部分签证单上，虽有施工员及项目生产经理签字，但签字主体不完整。不过，东阳公司未能举证证明签证单显示的增补工程及重复施工部分不存在，法院最终认定虽有部分签证单系事后补签，但不能否认其真实性。

而在海南东亚土石方工程有限公司与汕头市潮阳第二建筑总公司海南分公司等建设工程施工合同纠纷再审复查中，东亚公司提交的14张《工程签证》及附表，无发包人海航酒店及监理单位日日豪监理签章，且不符合各方在该工程签证中形成的惯例（此前签证均有建设单位、监理单位、承包人项目部印章及现场代表个人签名），即便签证单上有潮阳二建分公司现场代表签名及该分公司生态公园项目部印章，法院仍未认定该14张签证单的有效性。

比如：在中煤第三建设（集团）有限责任公司等与宿州市诚信矿业有限公司建设工程施工合同纠纷中，若有证据证明事后补签的工程签证系双方真实意思表示，符合工程实际情况，应当作为结算依据。但如果无法证明补签的真实性与合理性，法院则不会认可其效力。

由此可见，对于存在瑕疵的签证单，法院并非一概否定或认可，而是综合考量签证单瑕疵类型、是否有其他证据佐证、是否符合交易习惯及工程实际情况等多方面因素，作出公正合理的认定。